O ano � 5012. Uma s�bita invas�o de aliens e seus Seres Vivos Mec�nicos quase exterminam a humanidade por completo. Os poucos sobreviventes se refugiam na Lua, organizando um contra-ataque para retomar o planeta, mas chegam a um impasse por conta da capacidade infinita de multiplica��o dos Seres Vivos Mec�nicos. Para vencer o impasse, a humanidade cria a YoRHa, uma unidade de soldados androides. 2B, uma androide, � enviada para a Terra para se encontrar com 9S e analisar os misteriosos fen�menos que l� encontram.